《终结者外传》的故事开始于1999年8月24日，正是《终结者2》的故事发生两年后。

　　故事的重心在Sarah身上－－Sarah发现，保护自己的儿子、阻止机器人崛起，这项任务远比想象的要难。

　　Sarah和儿子John几经周折，终于在内布拉斯加州的一个小镇安顿下来。Sarah将自己的姓更改为Reese。为了掩人耳目，她甚至还打算与人谈婚论嫁。Sarah的未婚夫Daniels是个老实巴交的好人，对Sarah母子的秘密完全不知情，只想快点把婚事办妥，然后一家人过平静快乐的生活。但是Sarah仍然念念不忘自己的 “使命” ，在睡梦中总是被世界末日的恐怖情形惊醒——这么多年来，她的内心一直无法得到真正的安宁。

　　Sarah预感到不祥的事情就要发生，于是带着儿子John再次踏上逃亡之路。这一次，他们来到了新墨西哥州的红谷镇。这是个质朴得有些土气的地方，人迹罕至，完全没有大城市喧嚣的影子。

　　Daniels对Sarah母子的不辞而别痛苦不已。伤心之余，他决定向警方报告这起人口失踪案。接待他的是FBI特工James Ellison。这一事件引起了一名红眼机器杀手的注意，它等待Sarah出现已经很久了。

　　红谷镇，刚刚适应环境的John结识了本地姑娘Cameron Phillips和代课教师Cromartie。John和他们相处融洽，原本以为可以从此安安心心过日子，却没想到这再次成为他生活的转折点－－Cromartie竟然是一个终结者机器人，在课堂上当着众人的面朝John开火。为了保护John，Cameron挺身而出，原来，她也是一个终结者机器人，她的任务就是保护John……